Az Erdélyi Múzeum gyűjteményei közül a könyvtáré az időbeli elsőség, már csak azért is, mert az Egyesület létrejöttének katalizátoraként épp a Kemény-bibliotéka szerepelt. Gr. Kemény József 1855-ben bekövetkezett halála sürgetővé tette a múzeum megalapítását, nehogy a már korábban felajánlott nagy értékű könyvtár idegen kezekre kerüljön. Mikó Imre gróf kezdeményezésére 1857-ben megalakult az Erdélyi Múzeum-Egyesület (EME) szervezőbizottsága, és Mike Sándor levéltárost bízta meg a Kemény-gyűjtemény Kolozsvárra szállításával és rendezésével. Így 1859. november 23-ára, az Erdélyi Múzeum-Egyesület alakuló közgyűlésére az új tudományos társaságnak már könyvtára és (ideiglenes) könyvtárosa is volt. A könyvtárnak gr. Bethlen Sándor nyújtott otthont Farkas utcai palotájában.
November 25-én az EME közgyűlése Szabó Ká­roly nagykőrösi tanárt választotta könyvtárossá, aki a következő év májusában vette át Mikétől a gyűjteményt. A rendezési munkáknak köszönhetően július 15-én már meg is nyithatták az olvasószobát, és elkezdődhetett a katalogizálás.1.Az alapításkor 15 439 könyvet, 1083 kéziratot és oklevelet őrzött a könyvtár, induló állományának körülbelül egyharmadát a Kemény József adományozta gyűjtemények alkották. Mellette jó néhány más adományozó bizonyította, hogy az erdélyi társadalom a magáénak érezte az egyesületet, a múzeumi könyvtárat pedig az erdélyi történelem írásos emlékeinek reprezentatív gyűjtőhelyének tekintette. Egész gyűjtemények tucatjával, egyes darabok százával kerültek ajándékképpen az EME tulajdonába. Jól példázza a közfelfogást az egyik adományozó, Czetz Antal 1860-ban kelt bejegyzése a Heltai Gáspár-féle Cancionale ép példányába: „A haza oltárához egy fövenyszemmel járul …”2 1861-ben került be a könyvtárba gr. Kemény Sámuel 10 000 kötetes könyvtára és gazdag levéltári gyűjteménye. Mikó Imre a könyvtár gazdagításában is elöl járt, például a ma 89 tételt számláló ősnyomtatvány-gyűjteményben 12 köteten látható az egyesületalapító gróf exlibrise, és ugyancsak ő vásárolta meg a krasznai Cserey-téka három incunabulumát.3
A sokfelől gyűlt könyvanyag rendezésének első lépését a duplumok különválasztása jelentette.4 Ezeket aztán az erdélyi kollégiumi könyvtárakkal, a debreceni református kollégiummal, az egri érseki könyvtárral, a Magyar Tudományos Akadémia könyvtárával, a Magyar Nemzeti Múzeum Könyvtárával (mai nevén Országos Széchényi Könyvtár) kialakított cserekapcsolatok révén hasznosították az állomány gyarapítására. Élénkítette e kapcsolatokat a fölöspéldányok nyomtatott jegyzéke, amely kétszer is megjelent Szabó Károly összeállításában.5
A Múzeum-Egyesület gyorsan kiépülő külföldi kapcsolatai szintén hozzájárultak a könyvtár gyarapításához, a washingtoni Smithsonian Institute vagy a bajor Királyi Akadémia ugyanolyan rendszerességgel küldte Kolozsvárra évi jelentéseit és tudományos közleményeit, mint a nürnbergi Germanisches Museum, a berlini Botanikai Társaság vagy a bécsi Császári Akadémia.
1869 végén a könyvtár állománya 28 134 kötetből állt. Az olvasószoba részére 17 külföldi folyóiratra fizetett elő az egyesület, 26 hazai periodika pedig a szerkesztők és a kiadók szívességéből járt. E lendületes fejlődéshez jelentősen hozzájárult Szabó Károly fáradhatatlan szervező munkája, levelezése, amellyel a társadalmat serkentette a múzeumi könyvtár gyarapítására.
Már az első évtizedben, a gyűjteményszervezés hőskorában körvonalazódott – az Egyesület alapszabályainak megfelelően – a könyvtár hármas feladata:
1)  az erdélyi történelem és irodalom írásos emlékeinek, tehát a transzilvanikáknak a lehető legteljesebb gyűjtése;
2)  a tudományok műveléséhez szükséges modern szakkönyvek beszerzése;
3)  a gyűjtemények sajátos feladatainak ellátásához szükséges szakirodalom (folyóiratok, kézikönyvek stb.) megvásárlása. E program szerint működött a könyvtár a következő évtizedekben is.
Ami a feltárást illeti, a könyvek szerzők szerinti címjegyzékére fektették a legnagyobb hangsúlyt, az 1870-es évek elejére elkészült a szerzői betűrendes cédulakatalógus. Folyamatosan haladt a szakcímtár készítése is, a kézirattár katalogizálása és az oklevélgyűjtemény rendezése azonban lassabban ment.
A könyvtárban ekkoriban Szabó Károly mellett egy segéd dolgozott. Olvasóterme naponta 6 óra hosszan tartott nyitva, forgalma az első évtized közepére jelentősen megnőtt. Helyiségei már az 1860-as évek végére szűknek bizonyultak; igazából egy új könyvtárépület segített volna a gondokon, ennek szükségességére többször is kitértek az évi jelentések.
1872-ben a kolozsvári tudományegyetem megalakulásakor az EME azzal támogatta az új felsőoktatási intézményt, hogy egyéb tárai mellett a könyvtárat is átadta használatra évi 5000 forint bér fizetése ellenében. A szerződés részletesen szabályozta a két külön tulajdonú, de együttesen kezelendő könyvtár fenntartását és munkáját. 1874-ben a régi jezsuita kollégium Király utcai szárnyának földszintjén kapott helyet a múzeumi és egyetemi könyvanyag, egy nagy terem, két szoba, ezekkel párhuzamosan egy széles folyosó és egy különálló szoba szolgált könyvtárul.
Az 1860-as évek múzeumalapító lendülete és társadalmi összefogása a következő két évtizedben kissé csökkent, így a nagy terjedelmű könyvgyűjtemények adományozása ritkábbá vált. Kiemelkedik közülük gr. Mikó Imre 1880-ban átvett, 1125 tételt tartalmazó „becses hagyatéka, … mely könyvtárunknak nem annyira a mennyiséget, mint a tudományos értéket tekintve valóban tekintélyes gyarapodására szolgált.”6
Az egy helyiségben tárolt, de külön kezelt múzeumi és egyetemi könyvtár ésszerűen osztotta meg a szerzeményezés feladatait: az egyetem vállalta az európai tudományos irodalom műveinek beszerzését, így kölcsönösen támogatták és kiegészítették egymást. Szabó igazgató utolsó könyvtárosi jelentésében jogos büszkeséggel írhatta le, hogy 1889 végén a múzeumi könyvtár 46 720 kötetet őrzött, ugyanakkor az egyetem tulajdonát mintegy 25 000 kötet képezte.7 György Lajos megállapítása szerint „Szabó Károlynak köszönhető – benne igazán a gyűjtő könyvtárnok típusát kell emlékezetben tartanunk –, hogy nemzeti műveltségünk igen becses emlékeit múzeumi megőrzésre kiragadta az elkallódás és a pusztulás örvényéből. Így fejlődött a múzeumi könyvtár közművelődési jellege mellett olyan erdélyi magyar nemzeti gyűjteménnyé, amilyent az alapítók legszebb álmaikban elképzeltek, s amelynek párját sem pénzzel, sem a legbuzgóbb utánajárással összehozni még egyszer nem lehetne.”8
Szabó Károly 1890. augusztus 31-én elhunyt, utódjává Ferenczi Zoltán egyetemi magántanárt választotta az Egyesület. Ferenczi csaknem tíz évig tartó igazgatása alatt a múzeumi könyvtár változatlanul a korábbi elvek szerint működött, az egyetemi részleg viszont látványos fejlődést ért meg, a könyv- és kéziratállomány kezelésében pedig általános korszerűsítés tapasztalható. Bevezette a szerzemény-könyv (gyarapodási napló) használatát, feldolgozta a folyóirat-állomány rendezetlen részét.9 Rendezte a régi magyarországi nyomtatványokat, és Szabó Károly bibliográfiája nyomán Régi magyar könyvtár nevet adta az 543 művet számláló gyűjteménynek, amely nagyságát tekintve ekkoriban mindjárt a Magyar Nemzeti Múzeum Könyvtára után következett.
A múzeumi és egyetemi könyvtár folyamatos gyarapodása miatt egyre zsúfoltabbakká váltak a könyvtár helyiségei, és már-már lehetetlenné vált a feldolgozó munka. 1895-ben az egyetem Farkas utcai új épülettömbjének keleti szárnyába költözött át, a réginél szárazabb és világosabb termek kellemesebb munkahelyet jelentettek, de alapterületük kisebb lévén az előzőnél, a legfőbb gond mégsem oldódott meg. Az új elhelyezést arra is kihasználta Ferenczi igazgató, hogy a két könyvtár különféle nyilvántartásait egy alap-cédulakatalógusba egyesítette.
A múzeumi könyvtár folyamatosan fogadta az adományokat, amelyek száma rendszeresen meghaladta a vétel útján beszerzett kötetekét, bár a jelentések sokszor összevonták az ajándékokat a csere útján beszerzettekkel.
1895-ben az Egyesület és az egyetemet fenntartó állam között új szerződés jött létre, amelynek értelmében a tárak anyagi és személyi kiadásait az állami költségvetés fedezte, így a könyvtárigazgató is állami tisztviselővé vált. Igazgatóságának egyik utolsó ténykedéseként Ferenczi összeállította a könyvtár szabályzatát, 44 cikkelybe foglalva össze a könyvtár személyzetére, a gyarapításra és a rendezésre, az olvasóterem használatára, a könyvkölcsönzésre és a nyitva tartásra vonatkozó előírásokat. Utasítása 1900-ban lépett hatályba.10
1898 végén Ferenczi Zoltánt az Egyetemi Könyvtár igazgatójává nevezték ki, helyébe pedig Erdélyi Pál, a Magyar Nemzeti Múzeum Könyvtárának kézirattárosa került. Kolozsvári tevékenységében Erdélyinek bőven volt alkalma hasznosítani könyvtárosi tapasztalatait, amikor az elődje által elkezdett korszerűsítési folyamat egyes be nem fejezett részeit sikerre vitte. Külön munkaerőt állított be az elmúlt évtizedekben kikölcsönzött és vissza nem szolgáltatott művek földerítésére, három év alatt sikerült a hátralékok jó részét visszaszerezni. 1902 nyarán megindult az addig tagolatlanul tárolt nyomtatványi osztály anyagának csoportosítása, és külön elhelyezést nyert az ősnyomtatvány-állomány, az RMK anyaga, a folyóiratok, a hírlapok és a legszükségesebb lexikonokat, enciklopédiákat, segédkönyveket tartalmazó kézikönyvtár. Különválasztották az egyleveles nyomtatványokat (gyászjelentések, hirdetmények, színlapok), az aprónyomtatványok különválogatása pedig 1903-ban fejeződött be. Ezzel párhuzamosan zajlott a könyvtár alapkatalógusának különféle időkből származó, nem azonos elvek szerint felvett céduláinak egységesítése, a nélkülözhetetlen helyrajzi katalógus 1901–1902 folyamán készült el.11 Új nyilvántartást vezettek be a gyarapodás számontartására 1904-től, mindegyik kialakult osztály külön gyarapodási naplót vezetett, az egész könyvtár gazdagodását pedig a főnaplóban tartották nyilván.
Ami a múzeumi könyvtár 20. század eleji gyarapodását illeti, Erdélyi igazgató többször is szóvá tette jelentéseiben, hogy igen kevés pénzt fordíthatott a vásárlásra. Szerencsére az erdélyi társadalom újból felélénkült áldozatkészsége ellensúlyozta az anyagi nehézségeket. A 20. század eleji gyarapodások kimutatásaiból látható, hogy amíg az egyetem könyvtára szakkönyveket, folyóiratokat, egyetemi nyomtatványokat és disszertációkat gyűjtött, addig az EME könyvtára a kurrens tudományos irodalom mellett régi kiadványokat, térképeket, kéziratokat, egyleveles nyomtatványokat (színlapokat, gyászjelentéseket, proklamációkat), levéltári iratokat szerzett be. Jól működött tehát a két részleg évtizedekkel korábban megállapított és ésszerű gyűjtőköri feladatmegosztása, amit 1904-ben Erdélyi Pál újból leszögezett: „A két könyvtár két irányba fejlesztendő: az egyetemit a nemzetközi tudományosság gyűjtő helyévé kell tenni, a múzeumit a nemzeti tudományosság és múlt fókuszává.”12 Az intenzív és szakszerű gyarapítás eredményeképpen a múzeumi könyvtár anyaga az 1900-beli 61 308 kötetről 1907-ben 148 946 kötetre növekedett.13
Az erőteljes növekedésnek indult könyvtár az egyetemi épület keleti szárnyában is egyre nagyobb helyhiánnyal küzdött. Periodika-gyűjteményét például kényszerűségből az épület alagsorában tárolták, 1905-ben pedig külső raktárt kellett létesíteni.
1906–1909 között végre felépült a könyvtár rég óhajtott korszerű otthona. Erdélyi Pál igazgatóságának első hónapjaitól fogva szorgalmazta az építést, 1903-ban a kultuszminisztérium megvásárolta a Mikó-villa telkére épített egyetemi klinikák szomszédságában elterülő 6000 négyszögöles saroktelket. Ugyancsak Erdélyi dolgozta ki – a külföldi tapasztalatokra alapozva – az új épület programját a raktári, olvasótermi, különgyűjteményi stb. szükségletek leírásával, az egyetemi részleg tanulmányi és a múzeumi részleg közművelődési feladatainak összehangolását, a könyvtári gyűjtemények szakszerű kezelését és az olvasók gyors kiszolgálását tűzve ki célul. A pályázaton nyertes építészpáros, Korb Flóris és Giergl Kálmán elvállalta, hogy a könyvtárigazgató közreműködésével továbbfejleszti a tervet. Együttműködésükkel megvalósulhatott Erdélyinek az a tétele, hogy ez esetben a könyvtáros az igazi tervező, az építész pedig a végrehajtó, hiszen csak a könyvtári elméletnek és gyakorlatnak megfelelően lehet célszerűen kialakítani az épületet.14
1906 nyarán kezdődött meg az építkezés, és a következő év őszén az új könyvtár tető alá került, 1908 elején pedig lezajlott a költözés. Épp száz évvel ezelőtt, 1909. május 18-án nyitották meg ünnepélyesen a könyvtárat. A magasföldszintes és két emeletes korszerű épületben megfelelően elkülönült a raktári rész a természetes fénnyel megvilágított 120 férőhelyes olvasóteremtől és a feldolgozó helyiségektől. Sajátos, a saroktelket kihasználó átlós főtengelyű alaprajza a bázeli egyetemi könyvtár mintáját követte, de az olvasóterem elhelyezése és a kilenc emeletes raktár könnyű megközelítése révén még célszerűbbnek bizonyult.15 Csakhamar nagy hírnévre tett szert az új könyvtár és annak szakszerű berendezése, 1909 nyarán a Budapesten rendezett II. könyvtárosi szaktanfolyam résztvevői Kolozsvárra utaztak, hogy megtekinthessék a történelmi Magyarország akkor legmodernebb könyvtárépületét. Megoldásait a budapesti József Műegyetem 1909-ben befejezett könyvtárában is alkalmazták.
Új otthonukban talán még nagyobb buzgalommal dolgoztak a könyvtárosok, mivel rengeteg olyan rendező munkát végezhettek el, amelyre a régi helyen egyszerűen nem nyílt lehetőség. Számuk is jelentékenyen megnőtt, a korábbi négy állandó tisztviselő helyett hét került alkalmazásba, 1913-ban pedig tízre emelkedett a létszám. Az 1900-ban jóváhagyott könyvtári szabályzat szerint a végleges és a napidíjas könyvtárosok munkakörét attól függetlenül határozta meg az igazgató, hogy az egyetem vagy a múzeum alkalmazta őket.
Jó alkalmat nyújtott a költözés a könyvanyag és a katalógusok végleges egyesítésére. A könyveken bélyegző és exlibris jelezte a tulajdonost, leltárilag is külön tartották nyilván a két intézmény anyagát, a raktári kezelést azonban teljesen egységesítették folyószámos rendszerben.16 A nyomtatványi osztály keretében kialakított külön testek, a halotti beszédek, az egyetemi nyomtatványok és az iskolai értesítők gyűjteményeinek rendezése 1912-ben fejeződött be. 1911-ben a könyvtár saját könyvkötő műhelyt létesített az új épület alagsorában, főként az értékes kéziratok biztonságos beköttetése és a régi kötések restaurálása tekintetében volt fontos a házi műhely fölállítása. Ugyanekkor indult be a fényképező műhely tevékenysége.
Az új épületben az olvasói forgalom is megnőtt, emiatt az 1910-es évek elején az olvasóterem bútorzatát 12 új asztallal kellett kiegészíteni. A Múzeum-Egyesület közművelődési feladatainak ellátására létesített népkönyvtár helyben olvasást és kölcsönzést is biztosított az érdeklődő nagyközönség számára. Általában elmondható, hogy az 1909-től az első világháború kitöréséig terjedő időszak jelentette az egyetemi és múzeumi könyvtár fejlődésének csúcspontját.
A világháború négy évében csökkent személyzettel kellett a legszükségesebb könyvtári munkákat ellátni, a két igazgató, Erdélyi Pál meg Gyalui Farkas és két idős munkatárs (Gazelli Árpád, Veress Endre) mellett a katonai szolgálatra alkalmatlan Ferenczi Miklós maradt a könyvtárban,17 reá hárult az ideiglenes segéderők betanításának feladata. Megszűnt a könyvtárközi kölcsönzés, és a forgalom csökkenése meg a felügyelő személyzet hiánya miatt az olvasóterem csak napi öt óra hosszat tartott nyitva. Különgyűjteményt indítottak a háborús emlékek számára, az alkalmi kiadványok, harctéri levelezés, háborús levelezőlapok stb. gyűjtésében főként az adományozókra számítottak.18 1916-ban a román betörés hírére Gyalui Farkas a könyvtár legféltettebb anyagából 60 ládányi anyagot szállíttatott Budapestre a Nemzeti Múzeum Könyvtárába.19 E menekített könyvtári és levéltári anyag 1918 júniusában hiánytalanul visszakerült Kolozsvárra.
A háború utolsó hónapjaiban jelentős személyi változások történtek, Erdélyi Pál igazgató 1918 októberétől egy évi szabadságot vett ki, helyettesévé Gyalui Farkast nevezték ki. Kelemen Lajos, aki 1902-től fogva öt évig dolgozott a kézirattárban, 1918. május 1-jétől újból a könyvtár alkalmazottja lett, a levéltári osztályra került Veress Endre helyett. 1918 karácsonyán bevonultak Kolozsvárra a román csapatok, az állami és egyesületi intézmények, köztük az egyetemi és múzeumi egyesített könyvtár igyekeztek a lehetőségekhez képest folytatni megszokott tevékenységüket. Minden eshetőségre felkészülve a könyvtár állami tisztviselőinek a Múzeum-Egyesület is megbízást adott munkakörük ellátására, Kelemen Lajost 1919 januárjában kérte fel a levéltár és a kézirattár kezelésére, a fogságból hazatért Valentiny Antalt pedig könyvtárőrré nevezte ki.20 Erdélyi Pál 1919 januárjában beadta nyugdíjazási kérelmét és márciusban repatriált.
Az impériumváltozás során 1919. május 12-én a nagyszebeni Román Kormányzótanács átvette a kolozsvári egyetemet. Ezzel párhuzamosan került sor a magyar állammal kötött szerződés alapján az egyetem kezelésében lévő múzeumi gyűjtemények átvételére is. Gyalui Farkas megbízott igazgató csak a (jelképes) erőszaknak engedve adta át a könyvtárat, a személyzet pedig helyben maradt.21
1920 végén Eugen Barbul került a könyvtár élére, aki korábban húsz évig a budapesti Egyetemi Könyvtárban szerzett könyvtárosi tapasztalatokat. Mellette Gyalui Farkas töltötte be a technikai igazgatói tisztséget. Ferenczi Miklós, Kelemen Lajos és Valentiny Antal tovább szolgáltak a könyvtárban a következő években, szaktudásuk az új vezetés számára is nélkülözhetetlennek bizonyult. Az orosz fogságból hazatérő Monoki István 1920. június 18-án foglalta el újra könyvtárosi állását. Nyelvtanfolyamok elvégzése után a könyvtár magyar munkatársai 1924-ben tettek kötelező román nyelvvizsgát. A nyugdíjba vonult vagy elhunyt könyvtárosok helyébe magyar tisztviselőt nem alkalmaztak.22
A gyűjtemények tulajdonjogáról és használatuk feltételeiről a román kormányokkal hosszas tárgyalások folytak, a román állam a magyar jogutódjának tekintette magát és továbbra is akadálytalanul használta a tárakat, de bért értük, nem fizetett. 1926-ban az Egyesület arra az álláspontra helyezkedett, hogy a magyar nép- és honismereti jellegű tárakat, a könyvtárat, kézirattárat, levéltárat stb. saját kezelésbe kívánja venni, a munkatársak fizetését az állam hordozná, cserében e gyűjtemények is mindenki számára hozzáférhetők lennének.23 A végleges megegyezés azonban húsz év alatt sem jött létre.24 Annyit sikerült elérniük, hogy a Múzeum-Egyesület bejegyzett tagjai ingyen látogathatták az intézményt.
1919 májusában, a könyvtár átadásakor a Mú­zeŹum-ŹEgyesület állománya 176 779 kötetből és 116 585 vegyes nyomtatványból állt. Az állományt a következő tíz évben az Egyesület alig gyarapíthatta: 1930-ban 186 212 kötet (154 562 könyv, 86 ősnyomtatvány, 1983 RMK, 13 767 folyóirat, 9814 hírlap, kb. 2000 térkép és kb. 4000 kézirat) és 120 628 apróbb nyomtatvány (95 222 gyászjelentés, 20 301 színlap, 1228 proklamáció és hirdetmény, 1639 egyleveles nyomtatvány és 2238 vegyes nyomtatvány) szerepelt a leltárban.25 1940 nyaráig aztán 5836 kötetet és 2276 vegyes nyomtatványt jegyezhettek be a múzeumi részleg gyarapodási naplójába.26 Szinte kizárólag adományok és az 1930-ban újraindult Erdélyi Múzeum folyóirat számaiért kapott cserepéldányok révén növekedett az állomány.
Az Egyesület 1928-tól évi 10 000 lej átalányt biztosított a könyvtárnak, ezt az igazgatóság minden évben felvette, és elsősorban a múzeumi állomány könyveinek újraköttetésére használta fel.27 Általában elmondható, hogy a könyvtár igazgatói tiszteletben tartották a múzeumi részleg tulajdonjogát, a könyvtárosok pedig szakszerű pontossággal iktatták az évenkénti nem túl nagy gyarapodást. A könyvtár igazgatósága minden évben fogadta az EME könyvtárvizsgáló bizottságát, általában Valentiny Antal helyettes igazgató kalauzolta az egyesület képviselőit.
1940 szeptemberében, a bécsi döntés után a román egyetem vezetősége megbízásából Valentiny Antal bonyolította le az átadást a szintén itthon maradt négy könyvtáros segítségével, majd október 19-én a kultuszminiszter kinevezte az egyetemi könyvtár igazgatójává. Ezzel egyúttal a múzeumi könyvtár vezetője is lett az újra életbe lépő 1895-ös szerződés értelmében.28
Nagyarányú állománygyarapítás indult meg már 1940 őszén, hogy a huszonkét év alatt elmaradt beszerzéseket pótolhassák. Gyorssegélyként a Vallás és Közoktatási Minisztérium már 1940 őszén megszervezte az erdélyi könyvakciót, amelynek keretében a Múzeumok és Könyvtárak Országos Főfelügyelőségének erdélyi osztálya gyűjtötte és továbbította a keleti részek könyvtárainak szánt ajándékköteteket. Kolozsvárra az egyetemi könyvtárba „minden 1918–1940 között megjelent s az erdélyi osztály rendelkezésére bocsátott magyar könyvet” eljuttattak összesen 18 329 kötetben.29 A Magyar Tudományos Akadémia, az Országos Széchényi Könyvtár, a magyarországi egyetemek könyvtárai is állandóan küldtek könyveket. Újból visszaállt az 1919 előtti kötelespéldány-rendszer, az ügyészségektől rendszeresen érkeztek a könyvek és a folyóiratok. Mivel a magyar állam rendszeresen fizette a bérösszeget a Múzeum tárainak használatáért (az 1943-ban megújított szerződés szerint évi 100 000 pengőt), az Egyesület jelentősen megemelhette a gyűjteményeknek nyújtott évi átalányt, így a könyvtár 1941-ben 20 000 pengőt kapott, a rendkívüli államsegélyből pedig újabb 5000-et. E jelentős összeget többek között a folyóiratok hiányos kollekcióinak pótlására meg hazai és külföldi tudományos munkák beszerzésére fordították.
1941-ben jelentősen kiegészült a könyvtár személyzete, a 65 alkalmazottból kettő az EME-hez nyert kinevezést.30 Szegedről visszatért Herepey Árpád, akit Valentiny 1942-es nyugalomba vonulása után a kultuszminiszter a közös könyvtár élére nevezett ki.31
A kibővített személyzet nagy arányú rendezési munkákat végzett, 1941 folyamán visszaköltöztette az RMK-gyűjteményt eredeti méltó helyére, a térképtár viszont a baloldali íves szárny 1920 után épített emeleti termébe került. Itt bőven volt hely az alapos számbavételre és rendezésre, 1942 őszére a térképtári szekrények célszerű átalakítása után elhelyezték az összesen 5978 darabot számláló gyűjteményt. A kézirattárban 1941 folyamán az anyag számbavétele folyt a régi leltárak alapján, a következő év elejére már a kutatók rendelkezésére állott az anyag. Elkezdődött a korszerű leíró katalógus összeállítása is. Nem sokáig tartott ez a normális állapot, mivel 1943-ban a háborús veszély miatt a kézirattár, a régi könyvek és a díszművek legféltettebb darabjait gondosan becsomagolva óvóhelyre szállították.
Sajátos feladatot vállalt fel a könyvtár Magyarország német megszállása után, a kolozsvári zsidóság gettóba kényszerítése nyomán gazdátlanul maradt családi könyvtárakat Nagy Géza egyesületi titkár javaslatára Herepey igazgató letétként fogadta azzal a céllal, hogy a háború befejezése után visszaszolgáltatja tulajdonosaiknak.32
1944 nyarán a front közeledtével mind az egyetem, mind a Múzeum-Egyesület úgy határozott, hogy nem hajtja végre a kiürítési parancsot. Döntésük helyességét bizonyítja, hogy az egyetem fölszereléséből 14 teherautón elszállított anyag (az irattár egy része, műszerek stb.) Keszthelyen megsemmisült, a Kolozsvárott maradt és részben óvóhelyre menekített gyűjtemények azonban sértetlenül vészelték át a bombázásokat és a front átvonulását. Helyben maradt a könyvtár személyzetének nagyobb része is, sőt a nőtlen könyvtárosok, mint például Jakó Zsigmond, az éjszakákat is az épületben töltötték a gyűjtemény védelme érdekében. Herepey Árpád igazgató a front elől Budapestre menekült,33 Monoki István vette át tőle az intézmény vezetését.
1944. október 11-én vonultak be a szovjet csapatok Kolozsvárra, szerencsére ostrom nélkül, így az egyetemi és múzeumi könyvtár értékei nem károsodtak az épület kisebb sérülései ellenére. Részben helyükön maradtak a kolozsvári magyar egyetem tanárai és hallgatói is, így december elején megindulhattak az előadások, és ezzel párhuzamosan a könyvtárhasználat. Szovjet katonai nyomás akadályozta meg októberben a Szebenbe menekült román egyetem visszatérési kísérletét, erre majd 1945 júniusában, a Groza-kormány idején került sor.
A Kolozsvárra visszaköltöző román egyetem újra átvette az egyetemi könyvtárat, személyzetét a helyén hagyta, de a Múzeum-Egyesülettel való jogviszony tisztázása most is hosszú folyamatnak ígérkezett. Mindenesetre az EME 1945. április végén tartott válaszmányi gyűlése kimondta, hogy az állammal kötendő bérleti szerződés alapján gyűjteményeit, köztük a könyvtárat az I. Ferdinánd Tudományegyetemnek és a Kolozsvári Magyar Tudományegyetemnek közös használatába adja a tulajdonjog fenntartása mellett, megfelelő bérösszeg fejében. Bár 1945. július 12-én kinevezték a tárgyalásokat lefolytatandó állami megbízottat Ioan Motaş bukaresti egyetemi tanár személyében, az ügy végleges rendezése elmaradt, mivel a megbízott sohasem jött el Kolozsvárra. Ami az 1945. június 1-től újonnan alakult kolozsvári magyar tannyelvű Állami Egyetemet (későbbi nevén a Bolyai Tudományegyetemet) illeti, az EME, az erdélyi közvéleménnyel összhangban a korábbi magyar egyetem jogutódjának tekintette, és tárainak használatát a megszokott módon biztosította.34
Bizonytalan jogi helyzete ellenére a múzeumi részleg – hagyományos feladatainak megfelelően – jelentős erőfeszítéseket tett az 1944 őszétől gazdátlanul maradt könyvtárak, családi levéltárak anyagának megmentésére. Személyzete a nehéz körülmények között is jelentős munkát végzett. 1947-ben például az Egyesület vette át a kolozsvári Mágnáskaszinó könyvtárát, mivel a Deák Ferenc utcai épületben a Magyar Népi Szövetség rendezkedett be.
Az óvóhelyekről a raktárakba szállították és polcra rakták a gyűjtemények darabjait. 1949-ben a Levéltár anyagát Jakó Zsigmond kezdeményezésére a könyvtárépület második emeletéről a Farkas utcai Bethlen-Nemes palota hátsó traktusába költöztették. Ezzel a könyvtár jelentős szabad területhez jutott.
Tóth Kálmán aligazgatót az EME megbízta a múzeumi könyvtár felügyeletével, ilyen minőségében készített rövid jelentést 1949 júliusában a gondjaira bízott anyagról: „A törzsgyűjtemény az Egyetemi Könyvtár helyiségében van elhelyezve és az alant felsorolt leltárkönyvekben nyilvántartva:
1)  könyvek leltára, múzeumi szerzemény és köteles példányok együttesen 12 kötet, 339 521 mű;
2)  régi magyar könyvek leltára 1 kötet 712 mű;
3)  kéziratos könyvtár leltára 1 kötet, 3200 mű;
4)  periodika (folyóirat, hírlap) könyvtár leltára 2 kötet, 29 415 kötet; térképtár leltára 1 kötet, 3494 mű.
A fentieken felül minden múzeumi tárnak megvan még a külön szak-kézikönyvtára, melyekről központi nyilvántartás nincs.”35
Ekkoriban már – a számon tartáson túl – egyéb befolyása nemigen lehetett az Egyesületnek a saját könyvtárára. 1950. február 12-én az EME intézőbizottsága, tudomásul véve a társadalmi szervezetek feloszlatását, az állami tulajdonba kerülő gyűjteményeinek, köztük a könyvtárnak a további kezelésében a romániai magyar tudományosság érdekeit is képviseltetni kívánta, és erre a Bolyai Tudományegyetemet kérte fel.36
Az Egyetemi Könyvtár a következő évtizedekben általában szabályszerűen kezelte a múzeumi gyűjtemények anyagát. 1990 után újabb kísérletek történtek az EME könyvtára jogi helyzetének tisztázására, de a szocialista rendszerben államosított ingó javak (könyvtárak, képtárak, múzeumok stb.) tulajdonjogának rendezésére mindmáig hiányzik a törvényes keret és a politikai akarat.

Jegyzetek

1. GYÖRGY Lajos: Az erdélyi könyvtárügy és a kolozsvári Egyetemi Könyvtár. In. Erdély magyar egyeteme. Szerk. Bisztray Gyula, Szabó T. Attila, Tamás Lajos. Kiad. az Erdélyi Tud. Int., Kolozsvár, 1941. 222–224. p. (a továbbiakban: GYÖRGY, 1941).
2. Mai jelzete: Központi Egyetemi Könyvtár, Kolozsvár, RMK/BMV 550.
3. MOSORA, Elena – HANGA, Doina: Catalogul incunabulelor. Kiad. Centralặ Universitarặ Cluj-Napoca. Cluj-Napoca, Dacia, 1979.
4. Az EME levéltára (a továbbiakban: EMELvt) a Román Országos Levéltár Kolozs megyei Igazgatósága őrizetében, 241. tétel, f. 2–8, 14–20.
5. Az Erdélyi Múzeumi Könyvtár többszörös példányainak jegyzéke. I. Kv. 1863. II. Uo. 1873.
6. SZABÓ Károly: Könyvtárnoki  jelentés. = Erdélyi Múzeum, 1881. 4. sz. 123–124. p.
7. Könyvtárosi jelentés az 1889. évről. EMELvt. 50. tétel, f. 317. GYÖRGY, 1941. 228–229. p.
8. GYÖRGY, 1941. 225. p.
9. FERENCZI Zoltán: Jelentés az Erdélyi Múzeum-Egylet könyvtárának 1891–92. évi állapotáról. = Magyar Könyvszemle, 1982. 334–335. p.
10. Utasítás a kolozsvári Ferencz József magyar királyi tudomány-egyetem könyvtára részére. A 8 lapos nyomtatványt nyomdajelzés nélkül sokszorosították.
11. ERDÉLYI Pál: Jelentés a könyvtár 1902. évi helyzetéről. = Erdélyi Múzeum, 1903. 6. sz. 339–340. p.
12. ERDÉLYI Pál: Jelentés a könyvtárról 1903. = Erdélyi Múzeum, 1904. 4. sz. 219. p.
13. ERDÉLYI Pál: Jelentés a könyvtárról. In: Az Erdélyi Múzeum-Egyesület évkönyve, 1907. 11. p.
14. KÉKI Béla: Egyetemi könyvtárak építése Magyarországon századunk első évtizedében. In: A Budapesti Műszaki Egyetem Központi Könyvtárának Évkönyvei. I. 1967. 252–254. p.
15. KELEMEN Lajos: Az Erdélyi Múzeum-Egyesület múltja és jelenje. Az Erdélyi Múzeum tárai. Kolozsvár, 1909. 25–29. p.
16. Az Erdélyi Múzeum-Egyesület évkönyve, 1908. 21. p.
17. A kolozsvári m. kir. Ferencz József Tudományegyetem Almanachja az 1916–17. tanévre. Kolozsvár, 1916. 61–62. p.
18. EMELvt., 261. tétel.– Az Erdélyi Múzeum Egyesület Évkönyve, 1914. 13. p.
19. Az 1916. december 20-i választmányi ülés jegyzőkönyve. EMELvt., 50. tétel, f. 683v.
20. EMELvt., 3.tétel, 8/1919, 16/1919.
21. GAAL György: Egyetem a Farkas utcában. Kolozsvár, 2001. 85–86. p. – GYÖRGY, 1941. 243–244. p.
22. KELEMEN Lajos: Dr. Ferenczi Miklós (1886–1933). = Erdélyi Múzeum, 1934. 1–6. sz. 3–5. p.
23. KÁNTOR Lajos: Az Erdélyi Múzeum-Egyesület története 1914-től napjainkig. = Erdélyi Múzeum, 1930. 1–3. sz. 6–10. p.
24. KISS András: Az Erdélyi Múzeum-Egyesület a XX. században. Történeti vázlat. In: Uő.: Más források – más értelmezések. Marosvásárhely, 2003. 378–379. p.
25. FERENCZI Miklós: Az Erdélyi Múzeum-Egyesület és könyvtára. = Erdélyi Helikon, 1931. 1. sz. 53. p.
26. Jelentés az Erdélyi Nemzeti Múzeum Könyvtáráról. = Erdélyi Múzeum, 1942. 3. sz. 456. p.
27. A választmány jelentése a közgyűlésnek az EME 1930. évi működéséről. = Erdélyi Múzeum, 1931. 1–3. sz. 87. p.
28. GYÖRGY, 1941. 245–246. p. – Jelentések a könyvtárról. = Erdélyi Múzeum, 1942. 3. sz. 449–455. p.; Az Erdélyi Múzeum-Egyesület évkönyve, 1942. 21–26. p. ; Uo. 1943. 12–15. p.
29. HARASZTHY Gyula: Az erdélyi akció. = Magyar Könyvszemle, 1941. 4. sz. 327. p.
30. A kolozsvári m. kir. Ferencz József Tudományegyetem évkönyve az 1941–42. tanévre. Kolozsvár, 1943. 66–67. p.
31. Jelentés az Erdélyi Múzeum-Egyesület 1942. évi működéséről. In: Az Erdélyi Múzeum-Egyesület évkönyve, 1942. 4. p.
32. BENKŐ Samu: Nagy Géza, a literátor és művelődésünk mindenese. Kolozsvár, EME, 1991. 22–23. p.
33. 1944 őszén az OSZK térképtárába osztották be, majd a Budapesti Műszaki Egyetem könyvtárának igazgatását vette át. www.omikk.bme.hu/tudtort/29/fejezet-11.html
34. Az Erdélyi Nemzeti Múzeum tárai. = Erdélyi Múzeum, 1945. 320. p. – Az Erdélyi Múzeum-Egyesület helyzete. = Erdélyi Múzeum, 1946. 145. p. – BENKŐ: i.m. 23. p. – FÜLÖP Mihály – VINCZE Gábor: Revízió vagy autonómia? Iratok a magyar-román kapcsolatok történetéről (1945–1947). Bp. Teleki L., 1998. 266–267. p.
35. EMELvt, 262. tétel f. 1.
36. Jegyzőkönyv az EME önkényes megszüntetéséről (1950). = Erdélyi Múzeum, 1991. 1–4. sz. 183. p.